苏州市市区文物保护管理所为苏州市文化局直属单位。建于1986年3月，是在撤消双塔、五人墓两个文保所基础上新建的市区专业文保事业机构。其主要职能是保护、管理、开放隶属于文化系统的部分文物景点和文物保护单位，包括全国重点文物保护单位：虎丘云岩寺塔、瑞光塔、双塔及罗汉院正殿遗址；省级文物保护单位：五人墓、葛贤墓、唐寅墓、曲园（俞樾故居）、横塘驿亭、甲辰巷砖塔；市级文物保护单位：章太炎故居、准堤庵、中山纪念堂等。同时还担负市内古城墙、古桥梁的保护管理工作。
　　建所15年来，市区文保所在政府和上级部门的支持下，耗资800余万元先后进行了曲园二期工程、唐寅墓筹建开放、瑞光塔维修及塔园开放、双塔罗汉院正殿遗址复原等一系列文物维修项目。