2000年，考古工作和吴文化研究调查取得较大成绩。配合我市基本建设，积极开展城市考古工作，年内已抢救性挖掘清理了潘祖年墓等多处古墓葬，出土了一批珍贵玉器。配合苏嘉杭高速公路建设，完成了苏嘉杭高速公路（北段）考古调查和发掘，发掘清理了良渚至唐宋文化遗址墓葬10余处，出土文物近百件，取得了较大的成果。此外，苏州考古队还积极帮助和参与六县市的考古工作，也取得了较好的成绩。如在对常熟虞山石室土墩的考古发掘中，发现了体积约3000立方米的太湖流域规模最大的石室土墩，出土了一批精美陶瓷器，为太湖流域历史文化研究提供了新的实证资料。
　　2001年，考古工作和吴文化调查取得较大成绩。配合基本建设，积极开展考古工作。年内已完成绕城高速公路（西南段）和沿江高速公路（常熟段）的考古调查，完成北环路延伸段徐家坟古墓群、工业园区独墅湖（东北部）湖底古文化遗址等多处抢救性发掘，出土了一批珍贵陶器。今年西部山区吴文化调查有较大进展。我市考古人员在灵岩山西麓发现一古城墙遗址，经过调查和视掘，已基本掌握该城墙的时代、范围和布局，出土了一批春秋时代的石器和陶片，为苏州地区吴文化研究提供了新的实证资料。10月份开始，又对东渚宝山春秋古墓葬进行重点发掘，目前该项考古工作已基本结束。
　　2003年5月21日，我市文管办和苏州博物馆在双凤镇维新村清理明代古墓时，意外发现厚达1米多的红烧土堆积和几何印纹灰陶罐，还发现汉、六朝、唐、宋等时期的陶瓷片，初步确认该处为马桥文化遗址。6月13日，上海博物馆、南京博物院、苏州博物馆有关专家汇聚太仓，对首期发掘工作进行了现场论证，确认双凤维新村的古遗址属于马桥文化遗址，并正式命名为维新遗址。双凤镇维新遗址的发现，是我市文物考古工作的重大突破，共出土遗物距今约3400-3800年，将太仓的历史提前到了3800多年前。