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宋室南迁，从中国的北方和中原地带徙来了大批官宦和知识分子，他们当中有不少人是精通医学的，有的还是职业医生，有的则家中自办药局，这在一定程度上给江南一带，包括苏州，带来了不少新的医学知识和北方医学流派的特点，促进了吴中医学的发展。宋代的苏州中医，已出现了内科、外科、针灸、儿科等专科医家。宋庆元年间，儿科名医滕伯祥，著有《走马急疳治疗奇方》，流传至今，为临床医生广泛运用。宋代乾嘉年间，外科医家颜直之，曾著有《疡医方论》、《外科会海》、《疡医本草》三本外科专书，可惜年代久远，早已失传，无法详知其内容了。
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到了元代，吴中医学以儒医、世医为特征，大多数医家都著书立说．一方面自守家门，另一方面互相交流，吸取他人的长处，其中著名者要算苏州的葛氏了。从葛思恭、葛从豫、葛应雷、葛应泽、葛乾孙，一直到葛正蒙，从宋末到元代．世世业医。陈继在《葛彦和墓志铭》中说到："吴中以儒为医，而德被人者，世称葛氏"。葛氏的著作有《医学会同》、《医学启蒙》、《经络十二论》、《十药神书》。其中葛乾孙的《十药神书》影响最大，它是中国医学史上第一本专治虚劳病的专书。有些方剂至今仍被运用。除了葛氏以外，还有韩氏、钱氏等。都同样是享有盛誉的世医之家。
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明、清两代，吴中名医辈出，著述洋洋，是吴中医学的鼎盛时期。著名医家如王履、薛立斋、缪希雍、吴又可、张路玉、叶天士、薛生白、周扬俊、徐大椿、尤在泾、王洪绪、陆九芝、曹沧洲等。唐大烈在《吴医汇讲》中曾约略地提到这个时期吴中医家的情况；"矧吾吴文献之邦，乃良医荟萃之域．葛氏乔梓，绍张、刘之学，新甫、启东廿子，前朝之著述已繁，生洲、路玉诸公，圣代之阐扬亦伙，《印机草》识元仪临证之慎重，《读书记》知泾学业之深沉，凡此各自成书，出自诸家见地"。据《吴中名医录》一书统计，吴中历代医家有一千二百余人，其中医官、御医百余人，现存历代吴医古籍五百多种。其名医之多，著作之富，是国内任何一个地区都无可比拟。俗谓苏州有二多，状元多，御医多，此语洵不妄也。
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清末民初，苏州出现了一批名医，如吕仁甫、王霖、鲍竺生、陆方石、陈想亭、王德森、顾伯平、陈星华、陆晋笙、马筱岩等。民国期间的苏州中医，。以其学术特点来分主要有三派：一是以顾允石为代表的杂病派，主治风、劳、臌、膈；二是以经绶章、李寿人为代表的温病派，主张用药轻清，以祛病邪；三是以顾福如为代表的中西汇通派，以中医中药为主。吸取西医西药的知识，并用于临床实践。但万变不离其宗，尽管门派很多，他们的治疗特点，基本上仍保持吴门中医的传统本色。
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